生物安全柜领域执行的最重要的标准是欧洲标准EN12469和美国国家卫生基金会的第49号标准。按此标准可将生物安全柜分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ级。

按照美国1992年版NSF49标准，生物安全等级1级（P1）的媒质是指普通无害细菌、病毒等微生物；生物安全等级2级（P2）的媒质是指一般性可致病细菌、病毒等微生物；生物安全等级3级（P3）的媒质是指烈性/致命细菌、病毒等微生物，但感染后可治愈；生物安全等级4级（P4）的媒质是指烈性/致命细菌、病毒等微生物，感染后不可治愈。

Ⅰ级生物安全柜是指用于保护操作人员与环境安全、而不保护样品安全的通风安全柜。适用于对处理样品安全性无要求且生物危险度等级为1、2、3的媒质的操作。因为不考虑处理样品是否会被进入柜内的空气污染，故对进入柜内的空气洁净度要求不高；空气的流动为单向、非循环式，空气流经HEPA过滤器后进入柜内，通过工作台面后又被过滤、经排气口排出；为了保护操作人员安全和保护环境，其向内的非循环吸入气流必须远离操作者；安全柜中的气体在外排到大气以前必须先经过HEPA过滤器过滤。

Ⅱ级生物安全柜是指用于保护操作人员、处理样品安全与环境安全的通风安全柜，柜内保持负压状态，适用于生物危险度等级为1、2、3的媒质的操作。

Ⅱ级生物安全柜为临床生物防护中应用最普遍的一类生物安全柜。临床中处理高浓度或大容量感染性材料时，以Ⅱ级生物安全柜应用最多。按照美国NSF49标准，一般将Ⅱ级生物安全柜划分为A1、A2、B1、B2四个类型。
Ⅲ级生物安全柜是完全密闭、不漏气结构的通风安全柜，适用于生物危险度等级为1、2、3和4的媒质的操作。工作空间内为经HEPA过滤器净化的无涡流的单向流空气。进入气流经数个HEPA过滤器过滤后送入安全柜，排出气流应经双层HEPA过滤器过滤或通过HEPA过滤器过滤和焚烧来处理。