生物安全柜有三种类型，一级、二级及三级。

a、一级生物安全柜的特点是只保护工作人员和环境却不保护样品。它的原理和实通风柜大致相同，但一级生物安全柜的排气口有HEPA 过滤器过滤进，可以防止微生物气溶胶扩散而造成的污染。一级生物安全柜是不带风机的，依靠外接通风管中的风机带动气流，以为不保护样品，如今已较少使用；

b、二级生物安全柜是现今应用最多的一种。其特点是既保护工作人员和环境也保护样品。依据《中华人民共和国医药行业标准YY0569-2005生物安全柜》，二级生物安全柜根据循环方式入口气流风速、和排气方式可分为4 个级别：A1 型，A2 型，B1 型和B2 型；

c、三级生物安全柜是专门为4级生物安全防护的实验室而设计，柜体完全气密，实验者通过连接在柜体的手套进行操作，样本通过双门的传递箱进出安全柜来确保不受污染，适用于高风险的生物试验，如进行SARS、埃博拉病毒等相关实验。